Plotting allele frequencies#
This page shows allele frequencies in each cohort of the SNPs genotyped in the amplicon sequencing protocol.
SNP frequency summary table#
| variant_index | contig | pos | ref | alt | ann | alt_index | label | contig | pos | ref | alt | type | effect | gene | geneID | modifier | transcript | base_change | aa_change | frq_Obuasi | frq_Gambia_URR | frq_VK7 | frq_Siaya | contig | pos | ref | alt | type | effect | gene | geneID | modifier | transcript | base_change | aa_change | frq_gambiae | frq_uncertain | frq_coluzzii | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 0 | 0 | 2R | 3492074 | G | A | A|missense_variant|MODERATE|ACE1|AGAP001356|tr... | 1 | 3492074 | A | 2R | 3492074.0 | G | A | missense_variant | MODERATE | ACE1 | AGAP001356 | transcript | AGAP001356-RA | c.838G>A | p.Gly280Ser | 0.966 | 0.011 | 0.000 | 0.012 | 2R | 3492074.0 | G | A | missense_variant | MODERATE | ACE1 | AGAP001356 | transcript | AGAP001356-RA | c.838G>A | p.Gly280Ser | 0.228 | 0.015 | 0.000 |
| 1 | 1 | 2R | 8368731 | A | C | C|synonymous_variant|LOW|AGAP001684|AGAP001684... | 1 | 8368731 | C | 2R | 28492879.0 | A | G | missense_variant | MODERATE | CYP6P3 | AGAP002865 | transcript | AGAP002865-RA | c.263T>C | p.Ile88Thr | 0.000 | 0.000 | 0.818 | 0.000 | 2R | 28492879.0 | A | G | missense_variant | MODERATE | CYP6P3 | AGAP002865 | transcript | AGAP002865-RA | c.263T>C | p.Ile88Thr | 0.000 | 0.000 | 0.680 |
| 2 | 2 | 2R | 17854287 | C | A | A|synonymous_variant|LOW|GPR5HT2A|AGAP002232|t... | 1 | 17854287 | A | 2R | 28497967.0 | G | C | missense_variant | MODERATE | CYP6P4 | AGAP002867 | transcript | AGAP002867-RA | c.708C>G | p.Ile236Met | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.622 | 2R | 28497967.0 | G | C | missense_variant | MODERATE | CYP6P4 | AGAP002867 | transcript | AGAP002867-RA | c.708C>G | p.Ile236Met | 0.480 | 0.000 | 0.000 |
| 3 | 3 | 2R | 28492879 | A | G | G|missense_variant|MODERATE|CYP6P3|AGAP002865|... | 1 | 28492879 | G | 2R | 28499661.0 | G | T | missense_variant | MODERATE | CYP6P1 | AGAP002868 | transcript | AGAP002868-RA | c.1120C>A | p.Leu374Met | 0.451 | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 2R | 28499661.0 | G | T | missense_variant | MODERATE | CYP6P1 | AGAP002868 | transcript | AGAP002868-RA | c.1120C>A | p.Leu374Met | 0.100 | 0.000 | 0.000 |
| 4 | 4 | 2R | 28494247 | C | T | T|missense_variant|MODERATE|CYP6P5|AGAP002866|... | 1 | 28494247 | T | 2R | 28502850.0 | C | T | synonymous_variant | LOW | CYP6P2 | AGAP002869 | transcript | AGAP002869-RA | c.45G>A | p.Ala15Ala | 0.099 | 0.112 | 0.000 | 0.638 | 2R | 28502850.0 | C | T | synonymous_variant | LOW | CYP6P2 | AGAP002869 | transcript | AGAP002869-RA | c.45G>A | p.Ala15Ala | 0.523 | 0.078 | 0.000 |
| 5 | 5 | 2R | 28497563 | T | C | C|splice_region_variant&intron_variant|LOW|CYP... | 1 | 28497563 | C | 2L | 2432419.0 | T | G | None | None | None | None | None | None | None | None | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.087 | 2L | 2432419.0 | T | G | None | None | None | None | None | None | None | None | 0.060 | 0.000 | 0.000 |
| 6 | 6 | 2R | 28497967 | G | C | C|missense_variant|MODERATE|CYP6P4|AGAP002867|... | 1 | 28497967 | C | 2L | 2435581.0 | G | A | None | None | None | None | None | None | None | None | 0.986 | 0.054 | 1.000 | 0.002 | 2L | 2435581.0 | G | A | None | None | None | None | None | None | None | None | 0.228 | 0.000 | 0.822 |
| 7 | 6 | 2R | 28497967 | G | A | A|synonymous_variant|LOW|CYP6P4|AGAP002867|tra... | 2 | 28497967 | A | 2L | 20288132.0 | T | C | synonymous_variant | LOW | COEAE1D | AGAP005756 | transcript | AGAP005756-RA | c.696T>C | p.His232His | 0.263 | 0.409 | 0.144 | 0.000 | 2L | 20288132.0 | T | C | synonymous_variant | LOW | COEAE1D | AGAP005756 | transcript | AGAP005756-RA | c.696T>C | p.His232His | 0.022 | 0.312 | 0.184 |
| 8 | 7 | 2R | 28498192 | C | NaN | 1 | 28498192 | NA | 2L | 25429235.0 | G | T | missense_variant | MODERATE | Rdl | AGAP006028 | transcript | AGAP006028-RA | c.886G>T | p.Ala296Ser | 0.000 | 0.179 | 0.035 | 0.243 | 2L | 25429235.0 | G | T | missense_variant | MODERATE | Rdl | AGAP006028 | transcript | AGAP006028-RA | c.886G>T | p.Ala296Ser | 0.190 | 0.238 | 0.030 | |
| 9 | 8 | 2R | 28499661 | G | T | T|missense_variant|MODERATE|CYP6P1|AGAP002868|... | 1 | 28499661 | T | 2L | 25429236.0 | C | G | missense_variant | MODERATE | Rdl | AGAP006028 | transcript | AGAP006028-RA | c.887C>G | p.Ala296Gly | 0.552 | 0.000 | 0.000 | 0.002 | 2L | 25429236.0 | C | G | missense_variant | MODERATE | Rdl | AGAP006028 | transcript | AGAP006028-RA | c.887C>G | p.Ala296Gly | 0.117 | 0.000 | 0.000 |
| 10 | 9 | 2R | 28500643 | G | NaN | 1 | 28500643 | NA | 2L | 25635973.0 | G | A | missense_variant | MODERATE | CYP4J5 | AGAP006048 | transcript | AGAP006048-RA | c.127C>T | p.Leu43Phe | 0.178 | 0.679 | 0.966 | 0.462 | 2L | 25635973.0 | G | A | missense_variant | MODERATE | CYP4J5 | AGAP006048 | transcript | AGAP006048-RA | c.127C>T | p.Leu43Phe | 0.399 | 0.723 | 0.896 | |
| 11 | 10 | 2R | 28501399 | G | A | A|missense_variant|MODERATE|CYP6P2|AGAP002869|... | 1 | 28501399 | A | 2L | 34100758.0 | A | T | 5_prime_UTR_variant | MODIFIER | AGAP006546 | AGAP006546 | transcript | AGAP006546-RA | c.-247A>T | 0.000 | 0.032 | 0.000 | 0.458 | 2L | 34100758.0 | A | T | 5_prime_UTR_variant | MODIFIER | AGAP006546 | AGAP006546 | transcript | AGAP006546-RA | c.-247A>T | 0.352 | 0.035 | 0.006 | ||
| 12 | 10 | 2R | 28501399 | G | T | T|missense_variant|MODERATE|CYP6P2|AGAP002869|... | 2 | 28501399 | T | 2L | 34118141.0 | G | A | missense_variant | MODERATE | AGAP006551 | AGAP006551 | transcript | AGAP006551-RA | c.35C>T | p.Ala12Val | 0.101 | 0.000 | 0.000 | 0.460 | 2L | 34118141.0 | G | A | missense_variant | MODERATE | AGAP006551 | AGAP006551 | transcript | AGAP006551-RA | c.35C>T | p.Ala12Val | 0.375 | 0.000 | 0.000 |
| 13 | 11 | 2R | 28502736 | C | A | A|missense_variant|MODERATE|CYP6P2|AGAP002869|... | 1 | 28502736 | A | 2L | 34118260.0 | G | A | intergenic_region | MODIFIER | AGAP006551-AGAP006552 | AGAP006551-AGAP006552 | intergenic_region | AGAP006551-AGAP006552 | n.34118260G>A | 0.000 | 0.000 | 0.000 | 0.460 | 2L | 34118260.0 | G | A | intergenic_region | MODIFIER | AGAP006551-AGAP006552 | AGAP006551-AGAP006552 | intergenic_region | AGAP006551-AGAP006552 | n.34118260G>A | 0.352 | 0.000 | 0.000 | ||
| 14 | 12 | 2R | 28502850 | C | T | T|synonymous_variant|LOW|CYP6P2|AGAP002869|tra... | 1 | 28502850 | T | 3R | 8564156.0 | G | A | intergenic_region | MODIFIER | D7r1-AGAP008285 | AGAP008284-AGAP008285 | intergenic_region | AGAP008284-AGAP008285 | n.8564156G>A | 0.101 | 0.046 | 0.081 | 0.000 | 3R | 8564156.0 | G | A | intergenic_region | MODIFIER | D7r1-AGAP008285 | AGAP008284-AGAP008285 | intergenic_region | AGAP008284-AGAP008285 | n.8564156G>A | 0.023 | 0.000 | 0.100 | ||
| 15 | 13 | 2R | 48714551 | A | NaN | 1 | 48714551 | NA | 3R | 28595449.0 | C | T | missense_variant | MODERATE | GSTE5 | AGAP009192 | transcript | AGAP009192-RA | c.325G>A | p.Gly109Ser | 0.246 | 0.027 | 0.000 | 0.000 | 3R | 28598062.0 | G | C | missense_variant | MODERATE | GSTE2 | AGAP009194 | transcript | AGAP009194-RA | c.355C>G | p.Leu119Val | 0.123 | 0.000 | 0.000 | |
| 16 | 14 | 2R | 48714601 | A | NaN | 1 | 48714601 | NA | 3R | 28598062.0 | G | C | missense_variant | MODERATE | GSTE2 | AGAP009194 | transcript | AGAP009194-RA | c.355C>G | p.Leu119Val | 0.619 | 0.054 | 0.000 | 0.000 | 3R | 28598166.0 | A | G | missense_variant | MODERATE | GSTE2 | AGAP009194 | transcript | AGAP009194-RA | c.341T>C | p.Ile114Thr | 0.013 | 0.104 | 0.724 | |
| 17 | 15 | 2R | 49438586 | T | C | C|3_prime_UTR_variant|MODIFIER|AGAP013121|AGAP... | 1 | 49438586 | C | 3R | 28598166.0 | A | G | missense_variant | MODERATE | GSTE2 | AGAP009194 | transcript | AGAP009194-RA | c.341T>C | p.Ile114Thr | 0.067 | 0.068 | 0.831 | 0.000 | 3L | 11213955.0 | G | T | intergenic_region | MODIFIER | TEP1-TEP3 | AGAP010815-AGAP010816 | intergenic_region | AGAP010815-AGAP010816 | n.11213955G>T | 0.002 | 0.024 | 0.876 | |
| 18 | 16 | 3R | 34264 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|AGAP007732|AGAP00773... | 1 | 34264 | G | 3R | 28600701.0 | A | G | intron_variant | MODIFIER | GSTE7 | AGAP009196 | transcript | AGAP009196-RA | c.151-26A>G | 0.189 | 0.014 | 0.000 | 0.002 | X | 15251490.0 | C | T | intergenic_region | MODIFIER | CYP9K1-AGAP000819 | AGAP000818-AGAP000819 | intergenic_region | AGAP000818-AGAP000819 | n.15251490C>T | 0.000 | 0.000 | 0.852 | ||
| 19 | 17 | 3R | 35121 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|AGAP007732|AGAP00773... | 1 | 35121 | G | 3L | 11213955.0 | G | T | intergenic_region | MODIFIER | TEP1-TEP3 | AGAP010815-AGAP010816 | intergenic_region | AGAP010815-AGAP010816 | n.11213955G>T | 0.000 | 0.083 | 1.000 | 0.002 | X | 15255321.0 | A | T | intergenic_region | MODIFIER | AGAP000819-CPR125 | AGAP000819-AGAP000820 | intergenic_region | AGAP000819-AGAP000820 | n.15255321A>T | 0.000 | 0.000 | 0.862 | ||
| 20 | 18 | 3R | 38161 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|AGAP007732|AGAP00773... | 1 | 38161 | G | X | 15251490.0 | C | T | intergenic_region | MODIFIER | CYP9K1-AGAP000819 | AGAP000818-AGAP000819 | intergenic_region | AGAP000818-AGAP000819 | n.15251490C>T | 0.000 | 0.052 | 1.000 | 0.000 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 21 | 19 | 3R | 42848 | A | C | C|intergenic_region|MODIFIER|AGAP007733-AGAP00... | 1 | 42848 | C | X | 15255321.0 | A | T | intergenic_region | MODIFIER | AGAP000819-CPR125 | AGAP000819-AGAP000820 | intergenic_region | AGAP000819-AGAP000820 | n.15255321A>T | 0.000 | 0.077 | 1.000 | 0.000 | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 22 | 20 | 3R | 50590 | T | G | G|intergenic_region|MODIFIER|AGAP007733-AGAP00... | 1 | 50590 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 23 | 21 | 3R | 71973 | C | A | A|intergenic_region|MODIFIER|AGAP007734-AGAP00... | 1 | 71973 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 24 | 21 | 3R | 71973 | C | G | G|intergenic_region|MODIFIER|AGAP007734-AGAP00... | 2 | 71973 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 25 | 22 | 3R | 97617 | G | A | A|intron_variant|MODIFIER|AGAP007736|AGAP00773... | 1 | 97617 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 26 | 23 | 3R | 8564156 | G | A | A|intergenic_region|MODIFIER|D7r1-AGAP008285|A... | 1 | 8564156 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 27 | 24 | 3R | 28592158 | G | NaN | 1 | 28592158 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 28 | 25 | 3R | 28595449 | C | T | T|missense_variant|MODERATE|GSTE5|AGAP009192|t... | 1 | 28595449 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 29 | 26 | 3R | 28598057 | G | A | A|synonymous_variant|LOW|GSTE2|AGAP009194|tran... | 1 | 28598057 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 30 | 26 | 3R | 28598057 | G | C | C|missense_variant|MODERATE|GSTE2|AGAP009194|t... | 2 | 28598057 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 31 | 27 | 3R | 28598062 | G | C | C|missense_variant|MODERATE|GSTE2|AGAP009194|t... | 1 | 28598062 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 32 | 28 | 3R | 28598166 | A | G | G|missense_variant|MODERATE|GSTE2|AGAP009194|t... | 1 | 28598166 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 33 | 29 | 3R | 28600701 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|GSTE7|AGAP009196|tra... | 1 | 28600701 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 34 | 30 | 2L | 209536 | G | A | A|missense_variant|MODERATE|AGAP004679|AGAP004... | 1 | 209536 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 35 | 30 | 2L | 209536 | G | C | C|missense_variant|MODERATE|AGAP004679|AGAP004... | 2 | 209536 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 36 | 31 | 2L | 927247 | A | C | C|intergenic_region|MODIFIER|AGAP004687-AGAP02... | 1 | 927247 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 37 | 32 | 2L | 1274353 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|AGAP004691|AGAP00469... | 1 | 1274353 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 38 | 33 | 2L | 1418210 | C | T | T|intron_variant|MODIFIER|AGAP004692|AGAP00469... | 1 | 1418210 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 39 | 34 | 2L | 1571929 | C | T | T|intergenic_region|MODIFIER|AGAP004693-AGAP00... | 1 | 1571929 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 40 | 35 | 2L | 1776348 | C | G | G|missense_variant|MODERATE|AGAP029368|AGAP029... | 1 | 1776348 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 41 | 36 | 2L | 1947574 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|exd|AGAP004696|trans... | 1 | 1947574 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 42 | 37 | 2L | 2380982 | T | C | C|intron_variant|MODIFIER|para|AGAP004707|tran... | 1 | 2380982 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 43 | 38 | 2L | 2381706 | A | NaN | 1 | 2381706 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 44 | 39 | 2L | 2388595 | G | NaN | 1 | 2388595 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 45 | 40 | 2L | 2391228 | G | NaN | 1 | 2391228 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 46 | 41 | 2L | 2399997 | G | A | A|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2399997 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 47 | 42 | 2L | 2403941 | T | A | A|intron_variant|MODIFIER|para|AGAP004707|tran... | 1 | 2403941 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 48 | 42 | 2L | 2403941 | T | C | C|intron_variant|MODIFIER|para|AGAP004707|tran... | 2 | 2403941 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 49 | 43 | 2L | 2408423 | C | NaN | 1 | 2408423 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 50 | 44 | 2L | 2408677 | A | NaN | 1 | 2408677 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 51 | 45 | 2L | 2414062 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|para|AGAP004707|tran... | 1 | 2414062 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 52 | 46 | 2L | 2416980 | C | T | T|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2416980 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 53 | 47 | 2L | 2422651 | T | C | C|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2422651 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 54 | 48 | 2L | 2422652 | A | T | T|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2422652 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 55 | 49 | 2L | 2425052 | G | A | A|synonymous_variant|LOW|para|AGAP004707|trans... | 1 | 2425052 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 56 | 50 | 2L | 2425766 | T | C | C|intron_variant|MODIFIER|para|AGAP004707|tran... | 1 | 2425766 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 57 | 51 | 2L | 2429617 | T | C | C|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2429617 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 58 | 52 | 2L | 2429745 | A | T | T|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2429745 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 59 | 53 | 2L | 2429897 | A | G | G|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2429897 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 60 | 54 | 2L | 2430424 | G | T | T|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2430424 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 61 | 55 | 2L | 2430817 | G | A | A|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2430817 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 62 | 55 | 2L | 2430817 | G | C | C|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 2 | 2430817 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 63 | 56 | 2L | 2430863 | T | C | C|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2430863 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 64 | 57 | 2L | 2430880 | C | T | T|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2430880 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 65 | 58 | 2L | 2430881 | C | T | T|missense_variant|MODERATE|para|AGAP004707|tr... | 1 | 2430881 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 66 | 59 | 2L | 2431005 | C | T | T|synonymous_variant|LOW|para|AGAP004707|trans... | 1 | 2431005 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 67 | 60 | 2L | 2431061 | C | NaN | 1 | 2431061 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 68 | 61 | 2L | 2432419 | T | G | 1 | 2432419 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 69 | 62 | 2L | 2435581 | G | A | 1 | 2435581 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 70 | 63 | 2L | 20288132 | T | C | C|synonymous_variant|LOW|COEAE1D|AGAP005756|tr... | 1 | 20288132 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 71 | 64 | 2L | 25429235 | G | T | T|missense_variant|MODERATE|Rdl|AGAP006028|tra... | 1 | 25429235 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 72 | 65 | 2L | 25429236 | C | G | G|missense_variant|MODERATE|Rdl|AGAP006028|tra... | 1 | 25429236 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 73 | 65 | 2L | 25429236 | C | T | T|missense_variant|MODERATE|Rdl|AGAP006028|tra... | 2 | 25429236 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 74 | 66 | 2L | 25635973 | G | A | A|missense_variant|MODERATE|CYP4J5|AGAP006048|... | 1 | 25635973 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 75 | 67 | 2L | 34073195 | C | NaN | 1 | 34073195 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 76 | 68 | 2L | 34100758 | A | T | T|5_prime_UTR_variant|MODIFIER|AGAP006546|AGAP... | 1 | 34100758 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 77 | 68 | 2L | 34100758 | A | G | G|5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_varia... | 2 | 34100758 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 78 | 69 | 2L | 34118141 | G | A | A|missense_variant|MODERATE|AGAP006551|AGAP006... | 1 | 34118141 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 79 | 70 | 2L | 34118260 | G | A | A|intergenic_region|MODIFIER|AGAP006551-AGAP00... | 1 | 34118260 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 80 | 71 | 3L | 65133 | G | T | T|intergenic_region|MODIFIER|CHR_START-AGAP010... | 1 | 65133 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 81 | 72 | 3L | 129051 | A | C | C|intron_variant|MODIFIER|AGAP010311|AGAP01031... | 1 | 129051 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 82 | 73 | 3L | 193173 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|AGAP010312|AGAP01031... | 1 | 193173 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 83 | 74 | 3L | 367248 | C | A | A|intron_variant|MODIFIER|AGAP010314|AGAP01031... | 1 | 367248 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 84 | 74 | 3L | 367248 | C | G | G|intron_variant|MODIFIER|AGAP010314|AGAP01031... | 2 | 367248 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 85 | 75 | 3L | 380974 | C | A | A|intron_variant|MODIFIER|AGAP029563|AGAP02956... | 1 | 380974 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 86 | 76 | 3L | 413508 | A | G | G|missense_variant|MODERATE|AGAP010317|AGAP010... | 1 | 413508 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 87 | 77 | 3L | 11208465 | A | T | T|intergenic_region|MODIFIER|TEP1-TEP3|AGAP010... | 1 | 11208465 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 88 | 78 | 3L | 11213955 | G | T | T|intergenic_region|MODIFIER|TEP1-TEP3|AGAP010... | 1 | 11213955 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 89 | 78 | 3L | 11213955 | G | A | A|intergenic_region|MODIFIER|TEP1-TEP3|AGAP010... | 2 | 11213955 | A | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 90 | 79 | X | 15249654 | A | NaN | 1 | 15249654 | NA | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | |
| 91 | 80 | X | 15251490 | C | T | T|intergenic_region|MODIFIER|CYP9K1-AGAP000819... | 1 | 15251490 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 92 | 81 | X | 15255321 | A | T | T|intergenic_region|MODIFIER|AGAP000819-CPR125... | 1 | 15255321 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 93 | 82 | X | 18758300 | C | T | T|intron_variant|MODIFIER|AGAP000974|AGAP00097... | 1 | 18758300 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 94 | 83 | X | 19631625 | C | G | G|intron_variant|MODIFIER|GPRCCK1|AGAP001022|t... | 1 | 19631625 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 95 | 84 | X | 20014696 | A | C | C|intron_variant|MODIFIER|CYP307A1|AGAP001039|... | 1 | 20014696 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 96 | 84 | X | 20014696 | A | T | T|intron_variant|MODIFIER|CYP307A1|AGAP001039|... | 2 | 20014696 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 97 | 84 | X | 20014696 | A | G | G|intron_variant|MODIFIER|CYP307A1|AGAP001039|... | 3 | 20014696 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 98 | 85 | X | 20128328 | C | T | T|intron_variant|MODIFIER|arm|AGAP001043|trans... | 1 | 20128328 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 99 | 86 | X | 20129288 | G | T | T|intron_variant|MODIFIER|arm|AGAP001043|trans... | 1 | 20129288 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 100 | 87 | X | 21721801 | C | G | G|intergenic_region|MODIFIER|AGAP013021-AGAP00... | 1 | 21721801 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 101 | 88 | X | 22164043 | C | T | T|intron_variant|MODIFIER|AGAP001061|AGAP00106... | 1 | 22164043 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 102 | 89 | X | 22798648 | A | C | C|intron_variant|MODIFIER|AGAP001073|AGAP00107... | 1 | 22798648 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 103 | 89 | X | 22798648 | A | T | T|intron_variant|MODIFIER|AGAP001073|AGAP00107... | 2 | 22798648 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 104 | 90 | X | 23468268 | A | T | T|missense_variant|MODERATE|AGAP001082|AGAP001... | 1 | 23468268 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 105 | 90 | X | 23468268 | A | C | C|missense_variant|MODERATE|AGAP001082|AGAP001... | 2 | 23468268 | C | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 106 | 91 | X | 24229846 | A | G | G|intergenic_region|MODIFIER|AGAP001093-run|AG... | 1 | 24229846 | G | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
| 107 | 92 | X | 24266728 | A | T | T|intergenic_region|MODIFIER|run-SSU_rRNA_euka... | 1 | 24266728 | T | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN | NaN |
Allele frequencies of any SNPs across amplicons#
vcf_path = f"{wkdir}/results/vcfs/amplicons/{dataset}.annot.vcf"
cohort_col = cohort_cols[0]
snp_df, geno = vcf_to_snp_dataframe(vcf_path, metadata)
snp_freq_df = calculate_frequencies_cohort(
snp_df=snp_df,
metadata=metadata,
geno=geno,
cohort_col=cohort_col,
af_filter=0.05,
missense_filter=True
)
snp_freq_df = snp_freq_df.filter(like='frq')
snp_freq_df.columns = snp_freq_df.columns.str.replace("frq_", "")
plot_allele_frequencies(
df=snp_freq_df,
cohort_col=cohort_col
)